シャーロット・アマリー(英語:Charlotte Amalie, Virgin Islands of the United States)は、大西洋西部・カリブ海にあるアメリカ合衆国領ヴァージン諸島の首府となっている都市、セント・トーマス島南岸中部に位置する街です。シャーロット・アマリーの人口は 14,477人(2012年現在)、アメリカ合衆国領ヴァージン諸島の最大都市です。面積 3.14平方キロメートル、北緯 18度21分 西経 64度57分(日本周辺ではフィリピンのルソン島北端部~中国・海南島の三亜市~ベトナム中北部のハティンと同程度の緯度)です。
シャーロット・アマリーの観光名所としては、黒ひげ城(ブラックビアード・キャッスル、Blackbeard's Castle、アメリカ国定歴史建造物)、青ひげ城(ブルービアード・キャッスル、Bluebeards Castle)、99ステップス(99段の階段、99 Steps)、セント・トーマス歴史博物館(St Thomas Historical Trust Museum)、オールド・バンク(Old Bank)、ヘブライ会衆のセントトーマス教会(Hebrew Congregation of St. Thomas、改革派教会)、フレンチタウン(Frenchtown)、フランス歴史博物館(French Heritage Museum)、ブッシュワーカーズ・ゲーミング・センター(カジノ、Bushwackers Gaming Center)、ドレイキズ・シート(Drake's Seat、展望ポイント)、ファンタシー・トロピカル・ボタニカル・ガーデン(熱帯植物園、Phantasea Tropical Botanical Garden)、ピラテス・トレジャー博物館(Pirates Treasure Museum)、ヨット・ヘイブン・グランデ(マリーナ、Yacht Haven Grande)、スカイライド・トゥ・パラダイス・ポイント(Skyride to Paradise Point、ロープウェイ)などがあります。