| 人口順位 | 都市名（日本語 / エストニア語） | 人口 | 市制施行 | 県 |
| 1 | タリン / Tallinn | 430,805人 | 1248年 | ハリュ県 |
| 2 | タルトゥ / Tartu | 93,715人 | 13世紀 | タルトゥ県 |
| 3 | ナルヴァ / Narva | 56,103人 | 1345年 | イダ＝ヴィル県 |
| 4 | パルヌ / Pärnu | 39,375人 | 1318年 | パルヌ県 |
| 5 | コフトラ＝ヤルヴェ / Kohtla-Järve | 34,394人 | 1946年 | イダ＝ヴィル県 |
| 6 | ヴィリャンディ / Viljandi | 17,525人 | 1283年 | ヴィリャンディ県 |
| 7 | ラクヴェレ / Rakvere | 15,413人 | 1302年 | レーネ＝ヴィル県 |
| 8 | マールドゥ / Maardu | 15,189人 | 1980年 | ハリュ県 |
| 9 | クレサーレ / Kuressaare | 13,276人 | 1563年 | サーレ県 |
| 10 | シッラマエ / Sillamäe | 12,989人 | 1957年 | イダ＝ヴィル県 |
| 11 | ヴォル / Võru | 12,334人 | 1784年 | ヴォル県 |
| 12 | ヴァルガ / Valga | 12,022人 | 1584年 | ヴァルガ県 |
| 13 | ユフヴィ / Jõhvi | 10,398人 | 1938年 | イダ＝ヴィル県 |
| 14 | ハープサル / Haapsalu | 9,838人 | 1279年 | レーネ県 |
| 15 | ケイラ / Keila | 9,775人 | 1938年 | ハリュ県 |
| 16 | パイデ（パイテ） / Paide | 8,078人 | 1291年 | イェルヴァ県 |
| 17 | エルヴァ / Elva | 5,648人 | 1938年 | タルトゥ県 |
| 18 | サウエ / Saue | 5,640人 | 1993年 | ハリュ県 |
| 19 | ポルヴァ / Põlva | 5,458人 | 1993年 | ポルヴァ県 |
| 20 | タパ / Tapa | 5,428人 | 1926年 | レーネ＝ヴィル県 |
| 21 | ヨゲヴァ / Jõgeva | 5,143人 | 1938年 | ヨゲヴァ県 |
| 22 | ラプラ / Rapla | 5,132人 | 1993年 | ラプラ県 |
| 23 | キヴィオリ / Kiviõli | 5,088人 | 1946年 | イダ＝ヴィル県 |
| 24 | チュリ / Türi | 5,064人 | 1926年 | イェルヴァ県 |
| 25 | ポルツァマー / Põltsamaa | 4,050人 | 1926年 | ヨゲヴァ県 |
| 26 | シンディ / Sindi | 3,838人 | 1938年 | パルヌ県 |
| 27 | パルティスキ / Paldiski | 3,626人 | 1783年 | ハリュ県 |
| 28 | カルトラ / Kärdla | 3,287人 | 1938年 | ヒーウ県 |
| 29 | クンダ / Kunda | 3,034人 | 1938年 | レーネ＝ヴィル県 |
| 30 | トールヴァ / Tõrva | 2,740人 | 1926年 | ヴァルガ県 |
| 31 | ナルヴァ＝ヨエスー / Narva-Jõesuu | 2,644人 | 1993年 | イダ＝ヴィル県 |
| 32 | ケフラ / Kehra | 2,641人 | 1993年 | ハリュ県 |
| 33 | ロクサ / Loksa | 2,568人 | 1993年 | ハリュ県 |
| 34 | ラピナ / Räpina | 2,173人 | 1993年 | ポルヴァ県 |
| 35 | オテパー / Otepää | 2,167人 | 1936年 | ヴァルガ県 |
| 36 | タムサル / Tamsalu | 2,119人 | 1996年 | レーネ＝ヴィル県 |
| 37 | キリンギ＝ニンメ / Kilingi-Nõmme | 1,671人 | 1938年 | パルヌ県 |
| 38 | カークシ＝ニーア / Karksi-Nuia | 1,554人 | 1993年 | ヴィリャンディ県 |
| 39 | アンツラ / Antsla | 1,311人 | 1938年 | ヴォル県 |
| 40 | ヴォーフマ / Võhma | 1,282人 | 1993年 | ヴィリャンディ県 |
| 41 | ムストベー / Mustvee | 1,269人 | 1938年 | ヨゲヴァ県 |
| 42 | リフラ / Lihula | 1,214人 | 1993年 | レーネ県 |
| 43 | スーレ＝ヤーニ / Suure-Jaani | 1,064人 | 1938年 | ヴィリャンディ県 |
| 44 | アブジャー＝パルージャ / Abja-Paluoja | 1,057人 | 1993年 | ヴィリャンディ県 |
| 45 | プシィ / Püssi | 917人 | 1993年 | イダ＝ヴィル県 |
| 46 | モイサクラ / Mõisaküla | 748人 | 1938年 | ヴィリャンディ県 |
| 47 | カラステ / Kallaste | 743人 | 1938年 | タルトゥ県 |
| 人口順位 | 都市名 （日本語） | 都市名 （エストニア語） | 人口（2010年） | 人口増減率 (2010/2000) | 市制施行 | 県 |
| 1 | タリン | Tallinn | 411,980人 | 2.8% | 1248年 | ハリュ県 |
| 2 | タルトゥ | Tartu | 103,284人 | 2.0% | 13世紀 | タルトゥ県 |
| 3 | ナルヴァ | Narva | 65,881人 | -4.3% | 1345年 | イダ＝ヴィル県 |
| 4 | コフトラ＝ヤルヴェ | Kohtla-Järve | 44,492人 | -6.9% | 1946年 | イダ＝ヴィル県 |
| 5 | パルヌ | Pärnu | 44,083人 | -3.3% | 1318年 | パルヌ県 |
| 6 | ヴィリャンディ | Viljandi | 19,963人 | -4.0% | 1283年 | ヴィリャンディ県 |
| 7 | ラクヴェレ | Rakvere | 16,580人 | -3.2% | 1302年 | レーネ＝ヴィル県 |
| 8 | マールドゥ | Maardu | 16,529人 | -1.2% | 1980年 | ハリュ県 |
| 9 | シッラマエ | Sillamäe | 16,183人 | -6.1% | 1957年 | イダ＝ヴィル県 |
| 10 | クレサーレ | Kuressaare | 14,977人 | 0.4% | 1563年 | サーレ県 |
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