| 都市 | 空港名（日本語 / 英語） | ICAO | IATA | 定期便 |
| タリン / ウレミステ | タリン＝ウレミステ空港（レーナルト・メリ・タリン空港） / Tallinn-Ülemiste Airport (Lennart Meri Tallinn Airport) | EETN | TLL | あり |
| タリン / ラスナマエ | タリン＝ラスナマエ飛行場 / Tallinn-Lasnamäe Airfield | ---- | --- | なし |
| タリン / リンナハレ | タリン＝リンナハレ・ヘリポート / Tallinn-Linnahall Heliport | EECL | --- | なし |
| クレサーレ | クレサーレ空港 / Kuressaare Airport | EEKE | URE | あり |
| タルトゥ / レオーラ | タルトゥ＝ウレヌルメ空港 / Tartu-Ülenurme Airport | EETU | TAY | あり |
| パルヌ / エアメトサ | パルヌ空港 / Pärnu Airport | EEPU | EPU | あり |
| ヒーウマー島カルドラ / ヒーエサーレ | カルドラ空港 / Kärdla Airport | EEKA | KDL | あり |
| ルフヌ島 | ルフヌ飛行場 / Ruhnu Airfield | EERU | --- | あり |
| アントスラ | アントスラ飛行場 / Antsla Airfield | ---- | --- | なし |
| ヴァサレマー / アマリ | アマリ空軍基地 / Ämari Air Base | EEEI | --- | なし |
| ヴァルガ / ジャーニケゼ | ヴァルガ飛行場 / Valga Airfield | ---- | --- | なし |
| ヴァルストゥ | ヴァルストゥ飛行場 / Varstu Airfield | ---- | --- | なし |
| ヴィグラ / アヴァステ | アヴァステ飛行場 / Avaste Airfield | ---- | --- | なし |
| ヴィフラ / ルトジャ | ルトジャ飛行場（クンダ飛行場） / Rutja Airfield (Kunda Airfield) | ---- | --- | なし |
| ヴィリャンディ / ペーリ | ヴィリャンディ飛行場 / Viljandi Airfield | EEVI | --- | なし |
| ヴィル＝ニグラ | ニグラ飛行場 / Nigula Airfield | ---- | --- | なし |
| ヴォフマ | ヴォフマ飛行場 / Võhma Airfield | ---- | --- | なし |
| ヴォルムシ | ヴォルムシ飛行場 / Vormsi Airfield | ---- | --- | なし |
| カイウ / ヴァオペレ | ヴァオペレ飛行場 / Vaopere Airfield | ---- | --- | なし |
| カルクシ＝ヌイア / ポーリ | カルクシ飛行場 / Karksi Airfield | ---- | --- | なし |
| カルラ / モーヌステ | コグラ飛行場 / Kogula Airfield | ---- | --- | なし |
| キフヌ島サーレ | キフヌ飛行場 / Kihnu Airfield | EEKU | --- | なし |
| サーレマー島カールマ / ヴァントリ | アステ飛行場 / Aste Airfield | ---- | --- | なし |
| サウエ | サウエ飛行場 / Saue Airfield | ---- | --- | なし |
| サウエ / アリーク | アリーク飛行場 / Alliku Airfield | ---- | --- | なし |
| ジョエラハトメ / ジャガラ | ジャガラ飛行場 / Jägala Airfield | ---- | --- | なし |
| タパ | タパ飛行場 / Tapa Airfield | EETA | --- | なし |
| タルヴァストゥ / スイスレパ | スイスレパ飛行場（オブリク飛行場） / Suislepa Airfield (Obriku Airfield / Mustla Airfield) | ---- | --- | なし |
| タルトゥ / ラッディ | タルトゥ＝ラッディ飛行場 / Tartu-Raadi Airfield | ---- | --- | なし |
| トルマ / サツヴェレ | ラービセ飛行場 / Rääbise Airfield | ---- | --- | なし |
| ナイサール / ロウナクラ | ナイサール飛行場 / Naissaare Airfield | ---- | --- | なし |
| ナルヴァ / ソルディナ | ナルヴァ飛行場 / Narva Airfield | EENA | --- | なし |
| ノアロートシ / サーレ | ライクホルム飛行場（サーレ飛行場） / Lyckholm Airfield (Saare Airfield) | EELU | --- | なし |
| ハープサル / キルトシィ | ハープサル飛行場（キルトシィ飛行場） / Haapsalu Airfield (Kiltsi Airfield) | EEHU | --- | なし |
| パイデ / サルグヴェレ | ヌルムシ飛行場（コイギ飛行場） / Nurmsi Airfield (Koigi Airfield) | EENI | --- | なし |
| ハニラ / ヴァトラ | ヴァトラ飛行場 / Vatla Airfield | ---- | --- | なし |
| ハルク / トゥリサル | ケイラ＝ジョア飛行場 / Keila-Joa Airfield | ---- | --- | なし |
| ピーリーサール / トーニ | ピーリーサール飛行場 / Piirissaare Airfield | EEPR | --- | なし |
| ピフトラ / ナースマ | ナースマ飛行場 / Nässuma Airfield | ---- | --- | なし |
| ポドララ / リーダジャ | リーダジャ飛行場 / Riidaja Airfield | ---- | --- | なし |
| ユフヴィ / プル | フフヴィ飛行場 / Jõhvi Airfield | EEJI | --- | なし |
| ラーヌ / クレクラ | クレクラ飛行場 / Kureküla Airfield | ---- | --- | なし |
| ラクヴェレ | ラクヴェレ飛行場 / Rakvere Airfield | ---- | --- | なし |
| ラプラ / イーラ | ラプラ飛行場（クーシク飛行場） / Rapla Airfield (Kuusiku Airfield) | EERA | --- | なし |
| ラヘダ / ラヘ | リダリ飛行場 / Ridali Airfield | EERI | --- | なし |
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