メデジンの気候は一年中温暖で、年間を通して大きな気温変動は殆どありません。メデジンは貿易風の影響により年間を通して雨の多い熱帯雨林気候(ケッペン気候区分:Af)を特徴としますが、高地亜熱帯性気候(ケッペン気候区分では西岸海洋性気候(Cfb))と熱帯モンスーン気候(Am)の影響も見受けられます。標高 1,500メートルにあるため、赤道近くの同様な緯度(北緯 6度)にある他の都市ほど暑くありません。この都市は標高が高く、アンデス山脈の恵まれた場所にあるため、気候は熱帯気候よりも湿気の多い亜熱帯気候の特徴が強くでています。メデジンの年間平均気温は 22.6℃であり、赤道に近いため、気温は年間を通して一定であり、温度変化は 2℃以下です。年間の気温はおおよそ15℃から30℃です。一年中、心地よい春のような気候のため、メデジンは「ラ・シウダード・デ・ラ・エテルナ・プリマベーラ(La Ciudad de la Eterna Primavera)」または「永遠の春の街(City of the Eternal Spring)」として知られています。ただし、都市は谷にあり、市街地の多くは斜面にあり、標高が上がるに従い気温はわずかに低くなっていきます。メデジンで記録された過去最高気温は 38.0℃、過去最低気温は 8.0℃です。
メデジン(メデリン)の年間平均気温 22.6℃、年間平均最高気温 27.8℃、年間平均最低気温 17.4℃、年間降水量 1,752ミリメートル、年間降雨日数 227日間、年間日照時間 1,851時間、1981年から2010年まで30年間の平均値、コロンビア気象局(IDEAM = Instituto de Hidrología, Meteorología y Estudios Ambientales)データ、北緯 6度14分 西経 75度34分、標高 1,495メートル