モロニの初期の歴史は定かではありません。コモロ諸島への定住に関する最古の文献は 7世紀以降で、おそらくアラブ人の航海者やバントゥ語を話す農民によるものと考えられます。一方、7世紀から 10世紀にかけての陶器の発見は、この諸島が発展途上のスワヒリ文明の一部であったことを示しています。しかし、モロニ自体に人がいつ最初に定住したのかは不明です。
しかしながら、15世紀頃には、モロニはインド洋全域にわたる交易網を持つ、確固たる地位を築いた都市となっていました。1427年に建立されたバジャナニ・モスクは、他のスワヒリ都市の黄金時代と同時期に栄えたこの都市の繁栄を物語っています。隣接する港町であり王都でもあったイコニ(Ikoni)と共に、モロニはバンバオ王国の経済的・政治的中心地の一つです。しかし、19世紀末まで、モロニは島内の多くの大都市の一つに過ぎず、1886年にバンバオ(Bambao)のスルタン、サイード・アリ・ビン・サイード・オマル(Said Ali bin Said Omar、1916年2月10日没、グランドコモロ王国のスルタン、グランドコモロ島全体の最初で最後のスルタン・ティベ)がフランスと保護条約を締結して初めて、この町は植民地行政の所在地となりました。
モロニは 20世紀を通してゆっくりと成長しました。グランドコモロ島の首都となったものの、マヨット島のザウジ(Dzaoudzi)に置かれた領土行政の所在地ではなかったためです。1958年の人口はわずか 6,545人でした。しかし、同年、群島の首都をザウジからモロニに移すことが決定され、町は徐々に成長し、国内最大の町となりました。
3島の広範な自治に関する合意はアンジュアン島(ヌズワニ島)の代表によって拒否され、その結果、1999年4月にモロニで暴動が勃発し、アザリ・アソマニ大佐がクーデターで権力を掌握しました。2003年12月、コモロ連合の各島の大統領によって移行協定に関するモロニ協定が署名されました。2006年の選挙を前に、国営ラジオ・ンガジジャ(Radio Ngazidja)と民間ラジオ局モロニFMが武装集団の襲撃を受け、一時的に放送を停止させられました。2010年、米海軍のシービーズは、地元軍およびコモロ連邦政府と協力し、人道支援プロジェクトとしてモロニにハムランバ学校を建設しました。建設方法には、コンクリートを手作業で混ぜ、バケツと手押し車を使って学校敷地に運ぶことが含まれていました。
モロニ イメージ(モロニのモスク)
モロニの観光名所としては、モロニ大モスク(Grande Mosquée de Moroni)、モスク・ムシヒリ・ワ・シェイク・アフメド(Mosquée Mssihiri wa Cheik Ahmed)、国立ドキュメンテーション&科学研究センター(Centre National de Documentation et de Recherche Scientifique)などがあります。